在基因水平上制备的疫苗称重组疫苗。根据研制原理的不同，重组疫苗可以分为基因工程疫苗、基因重组疫苗、转基因植物疫苗和DNA疫苗四类。

　　基因工程疫苗是用基因工程方法或克隆技术，分离出病原微生物保护性抗原目的基因片段克隆，插入表达载体的核酸序列中进行表达的疫苗。

　　基因重组疫苗是通过强、弱毒株之间进行基因片段交换而获得的疫苗。

　　转基因植物疫苗用转基因方法，将编码有效免疫原的基因导入可食用植物细胞的基因组中，免疫原即可在植物的可食用部分稳定地表达和积累。人类和动物通过摄食达到免疫接种的目的，它具有可以口服、易被儿童接受、价廉等优点。

　　DNA疫苗是指将编码某种抗原蛋白的外源基因直接导入动物或人体细胞内，并通过宿主细胞的表达系统合成抗原蛋白，诱导宿主产生对该抗原蛋白的免疫应答，以达到预防疾病等目的。