目前灭活疫苗主要有全细胞疫苗和组分疫苗两种类型。
最早研制全细胞灭活病毒疫苗的是巴斯德。他最初用灭活狂犬病病毒(来源于冻干的兔脊髓)对动物注射,可使动物免患狂犬病。之后用此原理研制成功人用狂犬疫苗,保护人类免患狂犬病。全细胞疫苗的现代范例是全细胞百日咳疫苗。该疫苗由灭活或脱毒的百日咳鲍特菌培养物悬浮液制备而成,含有活菌的各种抗原,具有效果好、反应原性强等特点。
组分疫苗只含病原体的一部分而非其全部。如为减少全细胞百日咳疫苗的不良反应,提取灭活的百日咳杆菌的几种主要成分(百日咳毒素、丝状血凝素、百日咳杆菌黏附素和菌毛等),将其制备成无细胞百日咳疫苗。