2013年12月27日，东莞市机构编制委员会印发《关于印发东莞市食品药品监督管理局主要职责内设机构和人员编制规定的通知》（东机编〔2013〕87号）（以下简称”三定方案”），设立东莞市食品药品监管局，为市政府工作部门，将市卫生局“食品安全综合协调、组织查处食品安全重大事故职责”，市质监局“食品生产加工环节的质量安全监督管理和食品、化妆品的强制检验职责”，市工商局“流通环节食品安全的职责”，市经济和信息化局“酒类流通监管职责”划入市食品药品监管局统一行使，并加挂“市食品安全委员会办公室”牌子。

根据”三定方案”，东莞市局内设办公室、政策法规科、综合协调科（应急管理科）、食品生产安全监管科、食品市场安全监管科、食品餐饮安全监管科、保健食品化妆品监管科、药品生产安全监管科、药品流通安全监管科、医疗器械安全监管科、人事科（与机关党委合署办公）、稽查局13个科室，其中稽查局下设三个大队。原作为内设机构设置的监察室调整为市纪委（市监察局）派驻管理。”三定方案”还明确了东莞市局与东莞市农业局、林业局、海洋渔业局，市卫生行政主管部门，市质监局，市检验检疫局，市工商局，市经济和信息化局的职责分工。

根据”三定方案”精神，市经济和信息化局、市卫生局、市质量技术监督局、市工商行政管理局和市食品药品监督管理局于2013年12月30日签订了有关食品安全监管职能交接协议，规定东莞市局自2014年1月1日起，承接食品生产加工环节的质量安全监督管理职责，同时承担市食品安全委员会日常工作；自2014年3月1日起，承接流通环节食品安全监督管理和酒类流通监督管理职责。目前，东莞市局己正式承担全市食品生产加工环节的质量安全监督管理职责、市食品安全委员会日常工作。（东莞市局供稿）